Amphitria 2100-at írunk. Az emberek és az öntudatra ébredt mesterséges intelligencia, az M.I. száz éven keresztül harcolt egymással. Az év első napján azonban aláírják a békemegállapodást, lezárva ezzel az ellenségeskedést, és megteremtve a látszólagos békét. Ám úgy tűnik nem mindenki elégedett ezzel tökéletesen. A sok évtizedes harcok alatt felemelkedtek az M.I. és az emberek kapcsolatából született Hybridek, Lázadók és függetlenségre vágyók hagyták el az utolsó emberi várost, amely még őrzi méltóságát: Green Amphorát.Az. M.I. úgynevezett Blokádot tart fenn még mindig a város körül, a szabad területeken pedig a Lázadók két nagy táborra szakadtak: Camelot, amely továbbra is semleges és független maradt, illtve Windsor, amely az M.I. oldalára tette le voksát.Egyetlen anyag van, amely mindhárom faj számára fontos: az amphitria. Ez a különleges, smaragd zöld, kristályos vegyület, idegen civilizációktól származó elegyből és az atommolekulák egyesüléséből született. Létrehozva ezzel egy olyan anyagot, amely erőt és különleges képességet biztosít a Hybrideknek, hatalmas fizikális erőt az emberi testbe zárt M.I. lényeknek, és halhatatlanságot az embereknek, akiknek szervezetét kitölti ez a különleges vegyület. Az amphitria a föld mélyén keletkezik, ám egyetlen bánya van amelyben újra és újra termelődik szinte kiapadhatatlanul, ez pedig Green Amphora alatt húzódik. Az emberek tehát továbbra is védik ezt az egyetlen megmaradt városukat, az M.I. pedig a békét felhasználva újabb stratégia kidolgozásán munkálkodik. A háború kimenetelében pedig valószínű nagy szerepet kapnak majd a Hybridek és a Lázadók is.